歸元禪寺坐落于漢陽舊城西5里，即今武漢市漢陽區翠微街橫路5號。始建于1658年（清順治十五年），由白光和尚與其胞弟立峰和尚主持經營，他二人遂為歸元寺之開山祖。二位法師俗姓殷，浙江吳興人。相傳白光祖師殷德明于明崇禎年問，任漢陽知府，有感于明末戰亂，百姓流離失所，遂回老家，于龍華寺剃發為僧，由他的師父慧峰和尚取法名白光。白光在清朝初年雲游漢上，先在漢口十方庵挂單為行腳僧，後又入漢陽太平興國寺閱藏，見經卷散亂破損，化緣3年修藏。時人以此相推崇。法師又善華佗之術，為貧苦百姓施醫送藥。他目睹戰亂頻仍，災疫橫行，餓殍當道，乃于1658年先建普同塔院收殮白骨。漢上巨賈孫耀先等嘉其善道而捐巨款籌建梵宇，意在弘揚佛教。先購得原為明末文人王章甫所有之葵園為道場，然後鳩工庀材，經營棟宇。1660年建佛堂、禪堂，開始接眾行道。翌年修大雄寶殿並額堂、齋堂。1662年（清康熙元年）增其舊制，建祖堂、韋馱殿與方丈室。直到674年，藏經閣、鐘鼓樓、雲水堂、內外寮舍、三祖塔院及大三門方始落成。前後規治16年，苦心經營，歸元禪寺初具叢林規模。白光、立峰祖師從《楞嚴經》中文殊法師偈語『歸元性無二，方便有多門』中取『歸元』為其寺名。
1843年（清道光二十三年）漢鎮巨賈李祥興捐款助建羅漢堂。聘黃陂王姓父子塑羅漢500尊。1852年（咸豐二年）歸元寺毀于兵燹。清同光年間又重建。其後屢圮屢複，殿宇不斷增大。辛亥首義時，義軍曾以歸元寺為指揮之所，故遭清軍炮擊。民國年間又募化重修並擴建。黎元洪親題『歸元禪寺』、『歸元古剎』、 『三乘廣運』匾額，使歸元禪寺聲名日隆，成為鄂省之首剎。迨至1949年前夕，歸元寺已日漸毀圮。1949年後，人民政府多次撥巨款重修禪寺，使其煥然一新，並被國務院列為全國重點寺院之一，使之又成為中原三省之首剎。歸元寺近年佛事增多。自1984年以來開期傳戒。不僅如此，歸元禪寺于近年來接待了大量外國貴賓前來觀光。計有日本前首相中曾根康弘、新加坡前總理李光耀、美國前國務卿基辛格等政界要人。平時接納的游客據不完全統計達數百萬人之多。
歸元寺殿宇宏敞、古樸幽深，處鬧市之中獨得其妙境，其規制、風格、裝飾和結構亦有獨到之處。大凡寺廟之名，均為橫匾橫書，懸嵌于三門之上。歸元寺名卻為直匾直書。這是因為清代朝廷明文規定，只有皇帝赦賜玉璽的寺廟其匾額允許直書。而該寺于道光年間曾獲此殊榮，遂將橫書匾改為直書，從此歸元寺在佛教叢林中的地位提高了。至于寺院建築格局也與他寺迥異。大三門不逢中，卻開在偏北處，而且望東向北。進三門便是前院。前院置大放生池，石欄護之。放生池兩頭有鐘、鼓樓。前院可通3個去處，即南進韋馱殿通大雄寶殿；東去『翠微妙境』進藏經閣；南到『法相莊嚴』至羅漢堂。