准噶爾部是中國厄魯特蒙古族的一支。明末清初，准噶爾部貴族兼並了厄魯特蒙古各部，逐步控制了天山南北，在西起巴爾喀什湖，北越阿爾泰山，東到吐魯番，西南至吹河、塔拉斯河的中國西部邊疆地區，建立了准噶爾貴族的封建統治。

　　清政府為了保衛邊疆的安寧，反抗沙俄的侵略，對准噶爾部封建主噶爾丹進行了堅決的斗爭。

　　1690年7月2日，康熙帝組成以和碩裕親王福全為撫遠大將軍和以和碩恭親王常寧為安北大將軍的左右兩路大軍，分別出古北口和喜峰日。7月14日，康熙帝也從北京啟程，24日進駐博洛河屯(今河北隆化縣)，節制諸軍，統籌全局，開始了康熙帝的第一次親征。

　　1696年2月，康熙帝發兵10萬，分三路大舉出擊。 5月13日，西路軍在昭莫多(今蒙古烏蘭巴托以南的宗莫德)與噶爾丹叛軍相遇，雙方展開了激烈鏖戰。昭莫多一戰，基本上殲滅了噶爾丹的叛軍力量，清軍取得平叛戰爭的決定性勝利。

　　噶爾丹戰敗後，率殘部流竄于塔米爾河流域，成為一股走投無路、日暮途窮的流匪。但他頑固到底，拒不接受清政府的招撫，繼續堅持分裂祖國的叛亂，作最後的垂死掙扎。

　　為了徹底消滅噶爾丹勢力，康熙帝認為必須乘其新敗之後，搗其巢穴，以其『萬年之計』。1697年2月，康熙帝舉行第三次平叛的軍事行動，命費揚古、馬恩哈分別統率兩路大軍，共6000人，由寧夏出發，進剿噶爾丹殘部。4月，康熙帝親赴寧夏，指揮這次軍事行動。

　　噶爾丹敗死後，他的侄子策妄阿拉布坦繼續任准噶爾部台吉，准噶爾部又逐漸強大起來，和清政府發生矛盾衝突。

　　康熙帝沒有能徹底平定准噶爾貴族的叛亂就于1722年死了。他所制定的政策，由他的兒子雍正帝、孫子乾隆帝繼續推行並得到貫徹。

　　經過多年的戰爭，1759年8月，清軍抵達喀什噶爾，平定了支援阿睦爾撒納作亂的大和卓波羅尼都和小和卓霍集占兄弟的叛亂。這年秋天，天山南路完全平定，結束了西北地區長期以來的分裂局面。